Il laboratorio di anatomia patologica esegue esami su interventi per diverse patologie da parte di Patologi esperti nelle rispettive discipline.
 L'approfondimento diagnostico, ove necessario, prevede indagini immunoistochimiche ed eventualmente biomolecolari.

Per la patologia mammaria si effettuano, di routine, determinazioni dei fattori prognostici e predittivi di risposta alla terapia endocrina (recettori per estrogeni e progesterone, indice di proliferazione, espressione del proto-oncogene ERB-2/neu tramite determinazione della proteina c-erbB-2).

Si affettuano, inoltre, esami istopatologici intraoperatori, inclusa la valutazione del linfonodo sentinella.

Il settore di citopatologia include il Pap-test, la citologia urinaria, la citologia dei versamenti e quella per agoaspirazione della mammella, con la preparazione sia convenzionale sia su strato sottile.